In der bayerischen Roten Liste wird das Bayerische Löffelkraut als „stark gefährdet“ geführt (AHLMER & SCHEUERER, 2003). Im Artenhilfsprogramm für Cochlearia bavarica wurden die Gründe benannt und ein Maßnahmenkatalog entwickelt, der einer nachhaltigen Sicherung dienen soll (Abs, 2008).

Wesentliche Ergebnisse waren:

• Kleine Teilpopulationen, insbesondere an Quellbächen sind häufig ausgestorben.
• Die Ausdehnung mittlerer und großer Populationen ist bis auf wenige Ausnahmen rückläufig.
• Oftmals sind große Populationen in Teilpopulationen zerfallen.
• Cochlearia bavarica fokussiert seine Vorkommen an Primärstandorten und optimalen Lebensräumen. Hier ist eine erfolgreiche Regeneration gegeben und es stellt sich eine ausgeglichene Altersstruktur der Populationen ein.
• Das Löffelkraut hat eine geringe Konkurrenzkraft, so dass Vorkommen an nicht optimalen Wuchsorten schnell verschwinden.
• Die Reproduktionsfähigkeit der Individuen und der Populationen ist oftmals erfreulich positiv.

• Reduktion der Quellschüttung. In den letzten Jahrzehnten ist die Quellschüttung vielerorts zurückgegangen. Quellen versiegen oder die Quellschüttung reicht nicht mehr zur Ausprägung eines quelltypischen Lebensraumes aus.
• Trockenlegung und Intensivierung von Feuchtgrünland und Quellmooren durch Gräben und Bachbegradigungen.
• Durch regelmäßige Räumung und das Eintiefen von Drainagegräben werden Löffelkräuter direkt vernichtet und der Wuchsort zerstört.
• Nährstoffanreicherung (z.B. aus Teichwirtschaft, Düngemitteleinschwemmung) im Quellwasser führt zu einer Verdrängung der Löffelkräuter durch starkwüchsige Konkurrenzvegetation.
• Quellfassungen führen verteilte Quellaustritte zusammen und greifen gravierend in den Wasserhaushalt ein. Die Schüttung nimmt ab und die Lebensgemeinschaft verschwindet oder wird vom Überlauf abhängig.
• Verrohrung und geänderte Wasserführung: Mit der Quellfassung oder der Nutzung der Wasserkraft wird die Quellschüttung gezielt verlagert (Teichwirtschaft, Elektrizität). Nur in seltenen Fällen kommt es zu neuen Sinterkaskaden, die zumeist aber nicht von Cochlearia bavarica erreicht werden.
• Belastete Sedimenteinträge aus Entwässerungssystemen (z.B. Straßenentwässerung, Drainagegräben).
• Unterschreitung minimal überlebensfähiger Populationsgrößen.
• Hoher Verinselungsgrad der Populationen und damit Verlust wichtiger populationsstabilisierender Faktoren (z.B. genetischer Austausch, Zuwanderungsmöglichkeit nach Katastrophenereignissen).